Риск от операции кохлеарной имплантации сопоставим с риском обычных хирургических операций на среднем ухе, проводимых под общим наркозом. В числе наиболее часто встречающихся возможных осложнений - головокружение, нарушение равновесия, боль, чувство онемения вокруг импланта, задержка заживления раны, временное изменение вкуса. Эти ощущения быстро проходят.
Возможные при операциях на среднем ухе повреждения лицевого нерва при кохлеарной имплантации встречаются крайне редко, что связано с высокой квалификацией хирургов, проводящих эти операции.
Кохлеарные импланты изготовлены из биосовместимых материалов, и случаи отторжения имплантированной части кохлеарного импланта практически не встречаются.